Vitenskapelige raseinndelinger bygde på tilsynelatende nøytrale fysiske kjennetegn, men var gjerne systematisk forutinntatte. Rasene ble gjerne ordnet i et hierarki. Noen grupper ble plassert på et høyere evolusjonært nivå enn andre og ble ansett som mer intelligente, sterkere eller sunnere. Slike «vitenskapelige» antakelser bidro til å legitimere ulikhet, rasisme og utbytting. Det eksplisitte premisset var at en «hvit», europeisk samfunnselite burde herske over antatt rasemessig lavtstående koloniundersåtter, og over en underklasse som gjerne ble ansett som biologisk mindreverdig. Slike ideer kom særlig til uttrykk i den eugeniske eller rasehygieniske bevegelsen og fikk sin mest ekstreme form i Nazi-Tyskland. Men både rasehygienen og nazistenes rasepolitikk hentet inspirasjon fra mainstream vitenskap, og møtte både kritikk og støtte fra vitenskapelige kretser.